Discover the IC3i Alumni’s professional paths in our series of interviews.
Intervenants
Augustin Luna (Harvard Medical School, Boston, USA)
Reinhard Schneider (Luxembourg University, Luxembourg)
Luca Pinello (Harvard Medical School, Boston, USA)
Denis Thieffry (IBENS-ENS, Paris, France)
Julio Saez-Rodriguez (EMBL-EBI, Hinxton, UK)
Vassili Soumelis (INSERM, Paris, France)
Andrei Zinovyev (Institut Curie, Paris, France)
Jérome Galon (Cordeliers Research Center, Paris, France)
Estelle Duprez (CRCM, Marseille, France)
Leïla Perié (Institut Curie, Paris, France)
Lodewyk Wessels (National Cancer Institute, Amsterdam, The Netherlands)
Kathleen Marchal (Ghent University, Ghent, Belgium)
Thomas Walter (Centre for Computational Biology, MINES ParisTech, Paris, France)
Antoine De Weck (Novartis, Basel, Switzerland)
Andrew Teschendorff (University College London - London, UK)
Thomas Höfer (GKFZ - Allemagne)
Véronique THOMAS-VASLIN (Sorbonne Université - FR)
Loredana MARTIGNETTI (Institut Imagine - FR)
Ioannis XENARIOS (UNIL - CH)
Ido AMIT (The Weizmann Institute of Science - IL)
Philip STEGMAIER (geneXplain - DE)
Plus d’informations
Objectifs
L’objectif du cours est de promouvoir une meilleure intégration des méthodes computationnelles dans les laboratoires biologiques et cliniques. Nous souhaitons aider les participants à améliorer leur interprétation et utilisation des données omiques qui s’accumulent aujourd’hui dans de nombreux laboratoires biologiques ou médicaux. Cette année, le cours sera principalement axé sur les approches de biologie des systèmes pour l’analyse de données à l’échelle uni-cellulaire. Nous passerons en revue les méthodes et outils actuels dédiés à l’analyse et l’interprétation de données à l’échelle uni-cellulaire et verrons des applications concrètes dans le cancer. Nous nous intéresserons en particulier à la recherche développée sur la base de ces données dans le but de comprendre l’hétérogénéité de la tumeur et de son micro-environnement.
Discussion et travail pratique
Présentations/Présentations Flash, présentation de poster, présentation d’article au journal club
Conditions de selection
Aucune expérience particulière n’est requise en programmation et modélisation, ou connaissances approfondies de la biologie des systèmes. Les présentations seront conçues de manière didactique, proposant aux participants une introduction sur les fondamentaux de la biologie des systèmes et son application dans la recherche sur le cancer.
La sélection des participants se fait sur l’évaluation des candidatures.
Inscription au cours :
- CV (1 page max)
- Description du sujet scientifique sous la forme d’un abstract (1 page max)
- Lettre de motivation expliquant vos raisons pour assister à ce cours (1 page max)
- Lettre de recommandation de la part de 1-2 personnes.
À noter :
-Les étudiants (master ou thèse) sont obligé de joindre leur CV et lettre(s) de recommandation. Si vos référents souhaitent contacter directement le comité scientifique de l’organisation, les lettres peuvent être envoyées directement par courriel à to c.sysbiocancer2019 [at] curie.fr tout en respectant la date limite des applications ( dans ce cas veuillez joindre un pdf avec cette information).
-Pour les autre candidatures (hors étudiants en master ou en thèse), la lettre de recommendation n'est pas obligatoire; Veuillez joindre un pdf (vierge) afin de valider votre inscription.
Infos pratiques
Thèmes :
Description et modélisation des réseaux biologiques impliqués dans le cancer
- Réseaux de signalisation et métaboliques et bases de données de voies dans le cancer
- Ressources disponibles sur des voies de types cellulaire spécifiques
- Visualisation de données omiques à l’échelle uni-cellulaire, analyse et interprétation
- Inférence de réseau à partir de big data
- Modélisation mathématique de mécanismes moléculaires dans le cancer
Big data : échelle uni-cellulaire et données cliniques
- Inférence et analyse de l’hétérogénéité tumorale à partir de données uni-cellulaires
- Prédiction de la réponse au traitement
- Données à l’échelle uni-cellulaire pour une stratification plus précise des patients
- Bioimage informatique comme screening à grande échelle dans la recherche au niveau uni-cellulaire
- La transcriptomique spatiale dans les organes
Atelier « Développement de carrière » (une demi-journée le samedi)
Introduction aux opportunités d’évolution de carrière dans la bioinformatique et biologie des systèmes du cancer.
Présentation de parcours professionnels (plans de carrières) et assistance aux étudiants par (tables rondes) :
- Experts invités
- Représentants de l’industrie pharmaceutique
- Les éditeurs scientifiques
L'inscription est obligatoire pour tous les participants.
Pas de frais d’inscription.
Les déjeuners, les pauses café, le buffet de bienvenu et d’adieux seront offerts aux participants.
Travail pratique
Infos sur les ECTS
Le cours sera validé par 4 ECTS pour les Masters 2 et les doctorants.
Examen et évaluation
Évaluation des étudiants (par un comité scientifique)
- Masters 2 : les étudiants seront évalués en fonction de leur présentation au Journal Club + activités générales pendant les discussions scientifiques.
- Doctorants : les étudiants seront évalués en fonction de leur présentation flash + posters + activités générales pendant les discussions scientifiques.
Il est demandé aux candidats Post-doc de faire une présentation flash et un poster sur leur recherche scientifique. L’abstract le plus significatif sera choisi pour une présentation orale de 15 minutes.
Comité scientifique
Laurence CALZONE Institut Curie – INSERM U900, Paris, France
Tatiana POPOVA Institut Curie – INSERM U830, Paris, France
Andrei ZINOVYEV Institut Curie – INSERM U900, Paris, France