2019
23 septembre
28 septembre
Dates non définitives
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Cours 2e & 3e cycle universitaire

Biologie des Systèmes du Cancer

Analyse à l’échelle uni-cellulaire - 2ème Edition

Les approches par biologie des systèmes aident à analyser les mécanismes moléculaires in silico. La diversité des tumeurs de différents patients, mais également des cellules cancéreuses d’un même patient, résulte en un paysage très complexe, rendant l’objectif fondamental d’identifier un mécanisme commun à des fins de ciblage thérapeutique irréalisable. C’est pourquoi l’idée de médecine “personnalisée” ou “de précision” s’est développée, avec pour objectif d’identifier un traitement sur mesure pour chaque patient en fonction de son fond génétique et du profile moléculaire de sa tumeur. Cette tentative, bien qu’ambitieuse, est possible grâce à l’accumulation de caractérisations moléculaires de tumeurs réalisées par séquençage à très haut débit. Cependant, malgré la disponibilité de ces données à très haut débit (données omiques), celles-ci ne sont pas suffisamment exploitées pour aboutir à l’identification de mécanismes dérégulés qui permettraient une meilleure classification des patients ainsi qu’une stratégie thérapeutique personnalisée.

Nous avons invité des experts de différents domaines dans la biologie des systèmes du cancer, en particulier du domaine de la biologie des systèmes à l’échelle uni-cellulaire. Les experts décriront un large éventail de méthodes d’analyses de données à l’échelle uni-cellulaire et d’interprétation en utilisant les connaissances sur les voies spécifiques à un type cellulaire; outils pour étudier les mécanismes moléculaires dans le cancer en utilisant des réseaux de signalisation combinés à des données omiques issues de cellules uniques, le tout associé à des données cliniques. D’autres aspects seront également décrits : algorithmes de prédiction à la sensibilité aux traitements, biomarqueurs et identification de drivers dans le cancer, méthodes de stratification de patients, application de modélisation mathématique, méthodes de machine learning et analyse d’images avec une attention particulière au niveau uni-cellulaire.

 

Cours en Anglais
4 ECTS

Présentation

Objectifs

L’objectif du cours est de promouvoir une meilleure intégration des méthodes computationnelles dans les laboratoires biologiques et cliniques. Nous souhaitons aider les participants à améliorer leur interprétation et utilisation des données omiques qui s’accumulent aujourd’hui dans de nombreux laboratoires biologiques ou médicaux. Cette année, le cours sera principalement axé sur les approches de biologie des systèmes pour l’analyse de données à l’échelle uni-cellulaire. Nous passerons en revue les méthodes et outils actuels dédiés à l’analyse et l’interprétation de données à l’échelle uni-cellulaire et verrons des applications concrètes dans le cancer. Nous nous intéresserons en particulier à la recherche développée sur la base de ces données dans le but de comprendre l’hétérogénéité de la tumeur et de son micro-environnement. 

Discussion et travail pratique

 

Présentations/Présentations Flash, présentation de poster, présentation d’article au journal club

Travail personnel

Outre la présence aux cours, les participants sont vivement encouragés à prendre part aux évènements suivants :

- Présentation de leur propre projet scientifique avec une présentation flash et un poster (pour doctorants et post-doctorants).

- Participation au Journal Club pour présenter et échanger autour des articles les plus importants dans le champ des systèmes biologiques du cancer.

Les articles scientifiques en rapport avec les sujets principaux couverts par les cours seront envoyés aux candidats acceptés, en préparation du Journal Club (pour les étudiants en Masters 2).

- Participation à l’atelier « Développement de Carrière » lors de la session du samedi matin (ouvert à tous les participants).

Information sur les ECTS

Le cours sera validé par 4 ECTS pour les Masters 2 et les doctorants.

Examen et évaluation

Évaluation des étudiants (par un comité scientifique)

- Masters 2 : les étudiants seront évalués en fonction de leur présentation au Journal Club + activités générales pendant les discussions scientifiques.

- Doctorants : les étudiants seront évalués en fonction de leur présentation flash + posters + activités générales pendant les discussions scientifiques.

Il est demandé aux candidats Post-doc de faire une présentation flash et un poster sur leur recherche scientifique. L’abstract le plus significatif sera choisi pour une présentation orale de 15 minutes.

Informations pratiques

Infos pratiques

Thèmes :

Description et modélisation des réseaux biologiques impliqués dans le cancer

- Réseaux de signalisation et métaboliques et bases de données de voies dans le cancer

- Ressources disponibles sur des voies de types cellulaire spécifiques

- Visualisation de données omiques à l’échelle uni-cellulaire, analyse et interprétation

- Inférence de réseau à partir de big data

- Modélisation mathématique de mécanismes moléculaires dans le cancer

Big data : échelle uni-cellulaire et données cliniques

- Inférence et analyse de l’hétérogénéité tumorale à partir de données uni-cellulaires

- Prédiction de la réponse au traitement

- Données à l’échelle uni-cellulaire pour une stratification plus précise des patients

- Bioimage informatique comme screening à grande échelle dans la recherche au niveau uni-cellulaire

- La transcriptomique spatiale dans les organes

Atelier « Développement de carrière » (une demi-journée le samedi)

Introduction aux opportunités d’évolution de carrière dans la bioinformatique et biologie des systèmes du cancer.

Présentation de parcours professionnels (plans de carrières) et assistance aux étudiants par (tables rondes) :

- Experts invités

- Représentants de l’industrie pharmaceutique

- Les éditeurs scientifiques

Informations pratiques détaillées

L'inscription est obligatoire pour tous les participants.

Pas de frais d’inscription.

Les déjeuners, les pauses café, le buffet de bienvenu et d’adieux seront offerts aux participants.

Il n’y a pas de frais d’inscription pour ce cours

L'inscription est obligatoire pour tous les participants.

Pas de frais d’inscription.

Les déjeuners, les pauses café, le buffet de bienvenu et d’adieux seront offerts aux participants.

Lieu
Bâtiment de Biologie du Développement - Amphithéâtre
11-13 Rue Pierre et Marie Curie, 75248 Paris cedex 05
Paris - France

Effectif maximum

80 personnes

Effectifs

Le cours peut accueillir jusqu’à 80 Masters 2, Doctorants et Post-doctorants venant des :

- Universités/équipes françaises

- Universités/équipes européennes

- Universités/équipes internationales

Il y a des places réservées pour les étudiants des Masters dans les institutions suivantes : UPMC (10 places) et IBENS-ENS (10 places), Université de Rouen Normandie (10 places), Université Paris Diderot/Paris Descartes (10 places). 

Les places restantes sont ouvertes à des participants venant de France et de l’étranger.

De plus, nous attendons des participations de chercheurs et de médecins intéressés par l’impact de la biologie des systèmes dans la recherche sur le cancer et son traitement.

Conditions de selection

Aucune expérience particulière n’est requise en programmation et modélisation, ou connaissances approfondies de la biologie des systèmes. Les présentations seront conçues de manière didactique, proposant aux participants une introduction sur les fondamentaux de la biologie des systèmes et son application dans la recherche sur le cancer.

La sélection des participants se fait sur l’évaluation des candidatures.

Inscription au cours :

- CV (1 page max)

- Description du sujet scientifique sous la forme d’un abstract (1 page max)

- Lettre de motivation expliquant vos raisons pour assister à ce cours (1 page max)

- Lettre de recommandation de la part de 1-2 personnes.

À noter : Si vos référents souhaitent contacter directement le comité scientifique de l’organisation, les lettres peuvent être envoyées directement par courriel à to c.sysbiocancer2019 [at] curie.fr tout en respectant la date limite des applications.

Intervenants

Intervenants

Augustin Luna (Harvard Medical School, Boston, USA)

Reinhard Schneider (Luxembourg University, Luxembourg)

Heather Marlow (Institut Pasteur, Paris, France)

Luca Pinello (Harvard Medical School, Boston, USA)

Denis Thieffry (IBENS-ENS, Paris, France)

Julio Saez-Rodriguez (EMBL-EBI, Hinxton, UK)

Vassili Soumelis (INSERM, Paris, France)

Andrei Zinovyev (Institut Curie, Paris, France)

Jérome Galon (Cordeliers Research Center, Paris, France)

Estelle Duprez (CRCM, Marseille, France)

Lodewyk Wessels (National Cancer Institute, Amsterdam, The Netherlands)

Kathleen Marchal (Ghent University, Ghent, Belgium)

Ioannis Xenarios (UNIL, Lausanne, Switzerland)

Thomas Walter (Centre for Computational Biology, MINES ParisTech, Paris, France)

Jean-Philippe Vert (Google, MINES ParisTech, Paris, France)

Keynote speakers

Peter Kharchenko (Harvard Medical School, Boston, USA)

Oliver Stegle (EMBL-EBI, Hinxton, UK)

Nikolaus Rajewsky (MDC, Berlin, Germany)

Organisateurs

Emmauel BARILLOT Institut Curie - INSERM U900, Paris, France

Inna KUPERSTEIN Institut Curie - INSERM U900, Paris, France  

Vassili SOUMELIS Institut Curie - INSERM U932, Paris, France  

Denis THIEFFRY Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure, Paris, France

Jean-Philippe VERT Centre of Computational Biology, MINES - ParisTech, Paris, France

Thomas‎ WALTER Centre of Computational Biology, MINES - ParisTech, Paris, France

Comité scientifique

Laurence CALZONE Institut Curie – INSERM U900, Paris, France

Tatiana POPOVA Institut Curie – INSERM U830, Paris, France

Andrei ZINOVYEV Institut Curie – INSERM U900, Paris, France

Soutenu par

Organisation

  • U900 - Cancer et Génome : bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie