2021
27 septembre
01 octobre
visuel sysbio2021
Cours 2e & 3e cycle universitaire

4e cours sur la biologie systémique informatique du cancer : Multi-omique et approches d'apprentissage machine

COURS VIRTUE, organisé en temps réel (Paris Time, GMT+1)

La diversité entre les tumeurs de différents patients et même entre les cellules cancéreuses d'un même patient rend le tableau très complexe. L’idée d’une médecine “personnalisée” ou “de précision” a été suggérée, visant à trouver des régimes de traitement sur mesure pour chaque patient suivant le contexte génétique individuel et le profil moléculaire de la tumeur. Ce défi est réalisable grâce à une caractérisation moléculaire des cancers suffisante, accumulée en utilisant les technologies à haut rendement et des technologies d’imagerie avancée. Cependant, malgré la disponibilité des données de cancer multi-échelles, elles ne sont pas suffisamment exploitées pour nous informer sur les mécanismes dérégulés qui pourraient amener à une meilleure stratification des patients et des traitements spécifiques du cancer.

Ce cours est un évenement sponsorisé par FEBS.

 

Cours en Anglais
4 ECTS
Date limite d'inscription
Demande d'inscription

Présentation

Objectifs

Notre objectif est d’aider les participants à améliorer l’interprétation et l’usage des données multi-échelle qui sont accumulées dans les laboratoires biologiques ou médicaux. Cette année, la formation se concentrera particulièrement sur l'application des approches d'apprentissage automatique (AA) pour l'analyse de données multi-omiques dans la recherche sur le cancer et les avantages pour les cliniques. Nous examinerons les méthodes et outils actuels pour l’analyse et l’interprétation des données massives, ainsi que des applications concrètes liées au cancer. En particulier, nous mettront l’accent sur le rôle des méthodes IA/AA pour la compréhension d’hétérogénéité des tumeurs et leurs applications sur le développement de traitements personnalisés.

Nous avons invité des intervenants de différents domaines de la biologie des systèmes de cancer, en particulier du domaine de Big Data et de l'apprentissage automatique (AA) dans la recherche sur le cancer et dans les cliniques. Ces invités exposeront plusieurs approches pour les données omiques, l’imagerie, l’analyse de données cliniques et leur interprétation, en combinant les réseaux de signalisation avec les données multi-échelles et en leur associant des données cliniques. De plus, les algorithmes de prédiction de sensitivité aux drogues ; l’identification de marqueurs biologiques et de promoteurs du cancer ; les approches de stratification de patients ; les applications de la modélisation mathématique et de l’analyse d’images au cancer orientée sur les approches IA/AA seront présentées.

En outre, des algorithmes de prédiction de la sensibilité aux médicaments , l'identification de biomarqueurs et de promoteur de cancer, des approches de stratification des patients, l'application de la modélisation mathématique et de l'analyse d'images dans le domaine du cancer, en mettant l'accent sur les approches de l'apprentissage automatique pour l'intégration de l'analyse de données multi-omiques seront démontrés.

Ce cours est sponsorisé par la  Federation of European Biochemical Societies (FEBS). L'un des objectifs majeurs de FEBS est la publication de journals de haute qualité scientifique par des chercheurs pour des chercheurs. Plus d'information sur les FEBS Journals ICI .

 

Discussion et travail pratique

Table ronde pour l’atelier développement de carrière

Travail personnel

Outre la présence aux présentations en lignes, les participants de ce cours devront participer aux évènements en ligne suivants :

  • Présentation de leur propre projet scientifique avec une présentation brève et un poster (Pour les doctorants et les post-doctorants).
  • Participation au workshop de développement de carrière pendant la session en ligne spéciale du jeudi (Tous les participants).

Les doctorants et post-doctorants présélectionnés devront envoyer:

- Posters taille A0, format PDF. Presentation des posters de façon virtuel;

- Slides au format PDF pour les présentations orales

- Participation au Journal Club pour présenter et discuter des publications clés du domaine de la biologie des systèmes du cancer. Des articles scientifiques des principaux domaines couverts par la formation seront envoyés aux participants acceptés afin d’être présentés durant le journal club en ligne (pour les étudiants en Master).

Les participants en thèse de Master devront préparer et d’envoyer leurs slides, présentant les articles assignés pendant les sessions en ligne du journal club.

Cette formation sera faite INTEGRALEMENT VIRTUEL.

Information sur les ECTS

 4 ECTS pour les étudiants Master et PhD .

Examen et évaluation

La formation validera 4 crédits ECTS pour les étudiants en master et doctorants. La présence à la formation en ligne sera suivie quotidiennement par des formulaires en ligne. Les certificats de formations seront envoyés aux participants après la fin de la formation.

Évaluation des étudiants (par un comité scientifique) :

- Masters 2 : les étudiants seront évalués en fonction de leur présentation au Journal Club + activités générales pendant les discussions scientifiques.

- Doctorants : les étudiants seront évalués en fonction de leur présentation flash + posters + activités générales pendant les discussions scientifiques.

-Il est demandé aux candidats Post-doc de faire une présentation flash et un poster sur leur recherche scientifique. L’abstract le plus significatif sera choisi pour une présentation orale de 15 minutes.

Informations pratiques

Infos pratiques

Ceci est une formation en ligne. L’inscription pour les étudiants et post-doctorants est gratuite. L’inscription est obligatoire pour toutes les catégories de participants.

Suite à l’inscription et en suivant la procédure de sélection, les participants recevront l’accès à :

  • Présentations en ligne
  • Vidéos, slides, posters, carnet de formation
  • Tables rondes en ligne
  • Session sur le développement de carrière
  • Présentations du Journal Club
  • Évènements sociaux en ligne
Résultat de sélection
20/08/2021
Il n'y a pas de frais d’inscription pour ce cours
Lieu
Virtual
online

Effectif maximum

150 personnes

Effectifs

 150 personnes

Master 2, PhD students and post-docs.

En plus, nous accepterons candidatures d'autres profiles tels aue chercheurs, médecins, pharmaciens et industrie interesses par ce domaine  "systems biology impact into cancer research and treatment".

 

Conditions de selection

Aucune expérience particulière n’est requise en programmation et modélisation, ou connaissances approfondies de la biologie des systèmes. Les présentations seront conçues de manière didactique, proposant aux participants une introduction sur les fondamentaux de la biologie des systèmes et son application dans la recherche sur le cancer.

La sélection des participants se fait sur l’évaluation des candidatures. Documents nécessaires listés ci-dessous:

1 - Déclaration de motivation expliquant vos raisons pour assister à ce cours (max. 2000 caracteres)

2 - Resume du project de recherche ou description du sujet scientifique sous la forme d’un abstract (max. 2000 caracteres)

3 - Dans 1 SEULE fichier PDF file compiler le CV (max. 1 page) et la Description du sujet scientifique sous la forme d’un abstract (max. 1 page)

4 - Lettre de recommandation de la part de au moins 1 personne. Sous form de PDF à telecharger.

À noter : Si vos référents souhaitent contacter directement le comité scientifique de l’organisation, les lettres peuvent être envoyées directement par courriel AVANT la date limite des applications.

Intervenants

Intervenants

Julio SAEZ-RODRIGUEZ - DE

Magnus RATTRAY - UK

Emmanuel BARILLOT - FR

Anaïs BAUDOT - FR

Olivier AYRAULT - FR

Nathalie VIALANEIX - FR

Carl HERRMANN - DE

Andrei ZINOVYEV - FR

Kay NIESELT - DE

Stéphanie ALLASSONNIERE - FR

Samuel KASKI - FI

Irène BUVAT - FR

Asmund FLOBAK - NO

Joakim LUNDEBERG - SE

Pierre FILLARD - FR

Nikos PARAGIOS - FR

Thomas‎ WALTER - FR

Jean-Philippe VERT - FR

Chloé-Agathe AZENCOTT - FR

Keynote speakers

Laure FOURNIER - FR

Yvan SAEYS – BE

Cette liste d'intervenants n'est pas définitive

Organisateurs

Inna KUPERSTEIN - Institut Curie, FR

Emmanuel BARILLOT - Institut Curie, FR

Stéphanie ALLASSONNIERE - Université Paris Descartes, France , Ecole Polytechnique, France

Kay NIESELT  - University of Tübingen, DE

Denis THIEFFRY - IBENS - ENS - FR

Mathur PALLAVI - Institut Curie, FR

Comité scientifique

Inna KUPERSTEIN - Institut Curie, FR

Emmanuel BARILLOT - Institut Curie, FR

Chloé-Agathe Azencott CBIO - MINES - ParisTech – FR

Thomas‎ WALTER CBIO - MINES - ParisTech – FR

Stéphanie ALLASSONNIERE - Université Paris Descartes, France , Ecole Polytechnique, France

Kay NIESELT  - University of Tübingen, DE

Denis THIEFFRY - IBENS - ENS - FR

Laurence CALZONE - Institut Curie, FR

Andrei ZINOVYEV - Institut Curie, FR

Soutenu par

Organisation

  • Training Unit - Institut Curie